Emmanuel Faye est professeur de philosophie à l’Université de Rouen. Ses recherches portent notamment sur la philosophie française et allemande des Temps modernes et sur la pensée politique contemporaine – critique des constituants de la "vision du monde" national-socialiste et de Heidegger. Il est le fils de l’écrivain et philosophe Jean-Pierre Faye.
Agrégé de philosophie en 1981, docteur de l’Université de Paris I- Panthéon Sorbonne en 1994, il est depuis 2009 professeur de philosophie moderne et contemporaine à l’Université de Rouen, après avoir été chargé de recherches détaché au CNRS de 1993 à 1995 (Centre d’études supérieures de la Renaissance de Tours), puis maître de conférences à l’Université de Paris Ouest de 1995 à 2009. Emmanuel Faye s’est tout d’abord consacré à la philosophie de la Renaissance (Nicolas de Cues, Charles de Bovelles, Michel de Montaigne) et de l’âge classique en France (René Descartes et le Cartésianisme). Il a découvert à la Bibliothèque humaniste de Sélestat un écrit inédit de Charles de Bovelles : « Sapiens est qui se fecit hominem », qui marque la transition de la philosophie de l’esprit illustrée par Nicolas de Cues à une philosophie de l’homme.
En 2009, Heidegger. The Introduction of Nazism into Philosophy (Yale University Press) a reçu le prix du livre de l’année pour la philosophie (ForeWord Award).
En 2011, Emmanuel Faye a été reçu docteur honoris causa de l’Académie Brésilienne de Philosophie