Après son Abitur, Christoph Weinert fait un stage à la Cinémathèque française à Paris. Fasciné par les films de Chabrol, Truffaut et Leconte, il décide d’étudier la réalisation. Après ses études de cinéma, il travaille comme assistant de réalisation sur le tournage de divers films. Depuis 1996, il est auteur freelance et réalisateur.
Son premier long métrage Weiße Jäger – Weißes Gold (White hunters, white gold), tourné en Namibie et au Zimbabwe, est nominé à la Mostra de Venise en 1997. Il remporte le Prix spécial du jury au Festival international du film de Houston/Texas en 2011 avec son documentaire sur le « milliardaire du jean » Levi Strauss. La même année, son film Geheimsache Mauer est nominé pour le Deutscher Fernsehpreis (Prix de la télévision allemande).

Christoph Weinert est membre de l’Association des réalisateurs allemands (Deutscher Regieverband) et travaille actuellement sur la réalisation de contenus pour le cinéma et la télévision.